Mikrobiyota ve mikrobiyom arasındaki fark, bu iki kavramın kapsamıyla ilgilidir. Günlük kullanımda çoğu zaman birbirlerinin yerine kullanılsalar da mikrobiyota belirli bir ortamda yaşayan mikroorganizmaları; mikrobiyom ise bu mikroorganizmalarla birlikte onların genlerini, ürettikleri molekülleri, etkileşimlerini ve yaşadıkları çevreyi kapsayan daha geniş ekosistemi ifade eder.
Bu ayrımı bilmek, özellikle bağırsak mikrobiyom analizlerinde hangi bilginin ölçüldüğünü ve sonuçların ne anlama geldiğini doğru değerlendirmek açısından önemlidir.
Mikrobiyota nedir?
Mikrobiyota; bağırsak, ağız, cilt veya başka bir ortamda bulunan canlı mikroorganizmaların oluşturduğu topluluktur. Bu toplulukta başlıca bakteriler, arkeler, mantarlar ve bazı tek hücreli ökaryotlar yer alır.
Örneğin “bağırsak mikrobiyotası” denildiğinde, sindirim sisteminde yaşayan mikroorganizmalar kastedilir. Halk arasında kullanılan “bağırsak florası” ifadesi de çoğunlukla aynı topluluğu anlatır; ancak mikroorganizmalar bitki olmadığı için bilimsel kullanımda “mikrobiyota” terimi daha doğrudur.
Virüslerin mikrobiyotaya dahil edilip edilmemesi kullanılan bilimsel tanıma göre değişebilir. Daha katı tanımlarda virüsler canlı mikroorganizmalar arasında değerlendirilmez; buna karşılık mikrobiyomun daha geniş yapısı içinde ele alınabilir.
Mikrobiyom nedir?
Mikrobiyom, yalnızca hangi mikroorganizmaların bulunduğunu değil, onların oluşturduğu bütün biyolojik çevreyi kapsar. Buna mikroorganizmaların:
- Genetik materyali,
- Ürettiği metabolitler ve diğer moleküller,
- Birbirleriyle olan etkileşimleri,
- İnsan hücreleriyle kurduğu ilişkiler,
- Yaşadıkları ortamın fiziksel ve kimyasal özellikleri
dahildir.
Bu nedenle mikrobiyota, mikrobiyomun bir parçasıdır. Mikrobiyom ise mikroorganizmaların kim olduklarının yanında, sahip oldukları genetik kapasiteyi ve içinde faaliyet gösterdikleri ekosistemi de içerir.
Mikrobiyota ve mikrobiyom arasındaki fark
Aradaki farkı bir bahçe benzetmesiyle açıklayabiliriz:
Mikrobiyota, bahçede yaşayan bitkiler, böcekler ve diğer canlılar gibidir. Mikrobiyom ise bu canlılarla birlikte toprağı, suyu, üretilen maddeleri, genetik özellikleri ve canlıların birbirleriyle kurduğu ilişkileri kapsayan bütün bahçe ekosistemidir.
Kısaca:
- Mikrobiyota: Belirli bir yerde bulunan mikroorganizmalar topluluğudur.
- Mikrobiyom: Mikroorganizmaları, genlerini, ürünlerini, etkileşimlerini ve çevresel koşulları kapsayan daha geniş sistemdir.
- Metagenom: Bir örnekte bulunan mikrobiyal topluluğa ait toplam genetik materyali ifade eder.
Bağırsak mikrobiyotası neden kişiden kişiye değişir?
Bağırsak mikrobiyotası herkes için aynı değildir. Beslenme düzeni, yaş, yaşam ortamı, kullanılan ilaçlar, enfeksiyonlar ve günlük alışkanlıklar gibi birçok unsur mikrobiyal topluluğun yapısıyla ilişkilidir.
Aynı kişinin mikrobiyotası da zaman içinde değişebilir. Bu nedenle tek bir örnek, örneğin alındığı döneme ait bir görünüm sunar. Sonuçlar değerlendirilirken örnekleme koşulları, kullanılan analiz yöntemi ve kişinin mevcut durumu birlikte dikkate alınmalıdır.
Herkes için geçerli tek bir “ideal mikrobiyota” profili tanımlamak zordur. Belirli mikrobiyal özellikler sağlık durumlarıyla ilişkilendirilebilse de bir ilişkinin görülmesi tek başına neden-sonuç bağlantısı kurmaya yetmez.
Mikrobiyota ve mikrobiyom nasıl analiz edilir?
Mikrobiyal toplulukları incelemek için farklı dizileme ve biyoinformatik yöntemlerden yararlanılır.
16S rRNA gen dizilemesi, özellikle bakterilerin ve arkelerin sınıflandırılmasına odaklanır. Örnekte hangi bakteri gruplarının bulunduğu ve göreceli dağılımları hakkında bilgi sağlayabilir.
Shotgun metagenomik dizileme ise örnekteki toplam DNA’yı daha geniş biçimde inceler. Mikroorganizmaların tanımlanmasının yanında genetik ve işlevsel potansiyel hakkında daha ayrıntılı bilgi sunabilir.
Bu yöntemlerin kapsamları ve çözünürlükleri aynı değildir. Ayrıca sonuçlar; örnek alma, taşıma, laboratuvar süreci, kullanılan veri tabanları ve biyoinformatik değerlendirme yöntemlerinden etkilenebilir.
Mikrobiyom analizi sonuçları tek başına bir hastalık tanısı koymaz ve doktor değerlendirmesinin yerine geçmez. Bulguların kişinin sağlık öyküsü ve diğer klinik bilgilerle birlikte yorumlanması gerekir.
Bu kavramları doğru kullanmak neden önemlidir?
Mikrobiyota ve mikrobiyom arasındaki fark, bir analizin kapsamını doğru anlamaya yardımcı olur. “Mikrobiyota analizi” ifadesi çoğunlukla örnekte bulunan mikroorganizmaların dağılımını incelemeyi anlatır. “Mikrobiyom analizi” ise kullanılan yönteme bağlı olarak genetik potansiyel, işlevler ve daha geniş ekolojik ilişkiler hakkında bilgi içerebilir.
Bir testin adından çok, hangi yöntemi kullandığına ve raporda hangi verileri sunduğuna bakmak gerekir. Böylece sonuçlardan elde edilebilecek bilgilerle testin sınırları daha doğru anlaşılabilir.
Kısaca özetlemek gerekirse
Mikrobiyota, belirli bir ortamda yaşayan mikroorganizmaların bütünüdür. Mikrobiyom ise bu mikroorganizmaları, genetik yapılarını, ürettikleri molekülleri, etkileşimlerini ve yaşadıkları çevreyi kapsar.
Mikrobiyota ve mikrobiyom arasındaki fark, bağırsak mikrobiyom analizlerini ve bilimsel içerikleri daha doğru değerlendirmek için önemlidir.
Bilgilendirme notu: Bu içerik genel bilgilendirme amacıyla hazırlanmıştır; tıbbi tanı veya tedavi önerisi değildir. Sağlığınızla ilgili sorularınız için hekiminize ya da ilgili sağlık uzmanına danışınız.
Kaynaklar
- Berg G. ve arkadaşları. “Microbiome definition re-visited: old concepts and new challenges.” Microbiome, 2020.
- NIH Common Fund. “Human Microbiome Project.”
- Human Microbiome Project Consortium. “A framework for human microbiome research.” Nature, 2012.